蛋白質和核酸是構成生命體最為重要的兩類生物大分子，二者間的相互作用一直是分子生物學研究的中心問題之一。研究細胞內蛋白質-DNA相互作用的常用方法是染色質免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP) ，同時ChIP還常被用于確定基因組上與組蛋白修飾相關的特定位點（即組蛋白修飾酶的靶標）。但是由于ChIP存在高細胞需求量、技術難度大、成本高、深度測序、數據質量差以及變量大等缺點，在實際應用的過程中局限頗多。

核酸酶靶向切割和釋放（Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease, CUT&RUN）是表觀遺傳學的一種新型技術方法，在蛋白質-DNA的相互作用以及組蛋白翻譯后修飾（PTMs）的基因組定位研究中取得突破性進步。CUT&RUN對傳統的ChIP檢測方法進行了重大的修改，消除ChIP固有的一些缺點，簡化工作流程，跳過了ChIP-seq中包括染色質片段化和抗體pull down等非常具有挑戰性步驟，用更少的細胞量和測序讀數獲取更佳的數據。

對于新用戶，CUTANA™ CUT&RUN提供了您開展實驗所需要的一切，包括簡單易上手的實驗套裝、實驗方案以及驗證過的抗體等等，實驗操作流程如下：

  CUT&RUN工作流程  

● 固定細胞
● 添加抗體和pAG-MNase（Protein A-Protein G-微球菌核酸酶）
● 激活MNase并切割DNA
● 結合抗體的復合物擴散至溶液中
● 準備測序文庫
● 測序

  為什么選擇CUTANA™ CUT&RUN？

如下圖所示，CUTANA™ CUT&RUN在使用更低測序讀數的同時，結果要更優于ChIP-seq。

  CUTANA™ CUT&RUN優勢：

● 節省了10倍的測序成本，省時高效。（與ChIP-seq相比）

● 低細胞需求量。（低至5k)

● 可作用于多種多樣的靶標和樣本類型，

● 操作流程簡單易上手。

● 測序結果信噪比高。

● 實驗可重復性好。

CUT&RUN可以用于研究多種類型的靶標，包括轉錄因子、染色質相互作用蛋白和組蛋白翻譯后修飾，還為一些研究染色質重塑等十分具有挑戰性的目標提供了機會。

下圖為具有代表性的基因組瀏覽軌跡，展示了使用K562細胞的CUTANA CUT&RUN結果。通過將每個樣本中約300-800萬個測序reads用于表觀遺傳學的各靶標，可以觀察到具有期望分布面的清晰峰。

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EpiCypher的CUTANA™ CUT&RUN AND LIBRARY PREP KITS為用戶提供了染色質定位實驗的細胞-測序解決方案，該試劑盒包含了從細胞到測序流程中所有必要的對照以及驗證試劑，充分確保實驗能夠獲得高質量數據。

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CUTANA™系列的所有試劑均經過測試和驗證，適用于本公司CUTANA™ CUT&RUN優化后的工作流程。

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  SNAP Spike-ins：表觀基因組學中的核小體定量對照  

SNAP Spike-ins將含有DNA條形碼且攜帶組蛋白（已翻譯后修飾）的半合成核小體作為表觀基因組學分析的定量峰值對照，提高了分析可靠性的同時，還實現了精確樣本的標準化。此外，SNAP Spike-ins不僅優勢多，而且使用范圍廣，可適用但不局限于以下方面：

√  與CUT&RUN、CUT&Tag、和ChIP-seq測定兼容；

√  抗體特異性分析驗證，可原位操作；

√  監測分析性能，可持續監測檢測情況；

√  定量樣本比較，可直接定量讀數；

√  故障排除實驗。

上圖為產品SNAP-CUTANA™ K-METSTAT PANEL，該產品包含了15個攜帶疾病相關賴氨酸甲基化修飾的dNucs（即含DNA條形碼的半合成核小體）和一個未經修飾的dNucs對照。

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