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Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒上線啦!
細(xì)胞如何精確掌控基因的表達(dá)時(shí)空?其核心機(jī)制在于調(diào)控蛋白間錯(cuò)綜復(fù)雜的相互作用——這些蛋白協(xié)同決定了染色質(zhì)的可及性與三維構(gòu)象。這套精密的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)不僅塑造了細(xì)胞的身份特征,也維系著基因組的穩(wěn)定;一旦紊亂,便會(huì)誘發(fā)多種疾病。值得注意的是,基因調(diào)控主要作用于單個(gè)線性染色質(zhì)分子層面,因此要繪制完整的染色質(zhì)調(diào)控圖譜,亟需一種能在高分辨率下同步捕獲多重染色質(zhì)特征的技術(shù),F(xiàn)iber-seq正是為實(shí)現(xiàn)這一愿景而誕生的創(chuàng)新方法。
什么是 Fiber-seq?
2020年, 華盛頓大學(xué)研究團(tuán)隊(duì)在“Single-molecule regulatory architectures captured by chromatin fiber sequencing" 一文中發(fā)表突破性成果, 正式推出Fiber-seq技術(shù)。該方法依托第三代測(cè)序平臺(tái)-PacBio HiFi, 可在核苷酸分辨率上解析長(zhǎng)達(dá)數(shù)千堿基的染色質(zhì)纖維初級(jí)結(jié)構(gòu)。
Fiber-seq 的核心優(yōu)勢(shì)在于能夠從單條染色質(zhì)纖維同步獲取遺傳與表觀遺傳圖譜。其策略是利用甲基轉(zhuǎn)移酶Hia5對(duì)開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域的腺嘌呤進(jìn)行甲基化, 生成N?-甲基腺嘌呤 (6mA) 標(biāo)記, 從而將染色質(zhì)可及性信息“ 印刻 "(stencil) 到DNA分子上。隨后,通過(guò)Pacific Biosciences® (PacBio®) HiFi或Oxford Nanopore Technologies® (ONT) 等長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù), 可在單個(gè)DNA分子上并行檢測(cè)這些人工引入的6mA標(biāo)記與內(nèi)源性DNA甲基化修飾, 實(shí)現(xiàn)真正的單分子多組學(xué)分析
如需購(gòu)買(mǎi)Epicypher公司產(chǎn)品,請(qǐng)聯(lián)系Epicypher授權(quán)代理商欣博盛生物。
Fiber-seq的工作流程
Fiber-seq 的工作流程簡(jiǎn)單且可擴(kuò)展(見(jiàn)下圖):

● 標(biāo)記開(kāi)放染色質(zhì):提取細(xì)胞核, 并與 CUTANA™ Hia5 短暫孵育10分鐘。該酶會(huì)對(duì)可接近的腺嘌呤進(jìn)行甲基化, 生成 N6-甲基腺嘌呤(6mA)。
● 建庫(kù)與測(cè)序:使用標(biāo)準(zhǔn)的長(zhǎng)讀長(zhǎng)文庫(kù)制備方法, 對(duì)基因組DNA進(jìn)行純化和建庫(kù), 適用于 PacBio 或 Nanopore 測(cè)序平臺(tái)。
● 分析長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序數(shù)據(jù):長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序平臺(tái)能夠同時(shí)檢測(cè) “ 標(biāo)記 "(stenciled) 的甲基化信號(hào)和內(nèi)源性DNA甲基化, 從而生成單分子水平的染色質(zhì)特征圖譜。研究人員還可將數(shù)據(jù)匯總, 進(jìn)行群體水平的分析。
Fiber-seq 結(jié)果案例

● 圖例所示為:CUTANA™ Fiber-seq 在人白血病細(xì)胞(K562)中同時(shí)檢測(cè)開(kāi)放染色質(zhì)(以N?-甲基腺嘌呤,即6mA標(biāo)記)和DNA甲基化(5mC)。該圖將Fiber-seq結(jié)果與ATAC-seq及CTCF CUT&RUN數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較。CTCF是一種結(jié)合DNA的蛋白,可調(diào)控染色質(zhì)結(jié)構(gòu),通常富集于開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域。Fiber-seq圖譜中的每條水平線代表一條長(zhǎng)讀長(zhǎng)序列,展示了來(lái)自60條獨(dú)立染色質(zhì)纖維的單DNA分子數(shù)據(jù)。
Epicypher的CUTANA™Fiber-seq試劑盒可以提供什么?
Fiber-seq技術(shù)為染色質(zhì)生物學(xué)、表觀基因組學(xué)及疾病機(jī)制研究開(kāi)辟了全新視角,應(yīng)用前景廣闊。為推動(dòng)該技術(shù)的普及應(yīng)用,Epicypher與PacBio合作,憑借其在表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域的深厚積淀,已將CUTANA™ Hia5酶(貨號(hào): 15-1032-8rxn,15-1032-24rxn)商業(yè)化,并全新推出CUTANA™ Fiber-seq試劑盒(貨號(hào): 14-2001-8rxn,14-2001-24rxn)。該試劑盒包含從細(xì)胞出發(fā)、直至獲得可用于文庫(kù)構(gòu)建的純化DNA所需的全部關(guān)鍵試劑:
ltem | Cat. No. |
CUTANATM Hia5 For Fiber-seg | 15-1032 |
CUTANATM Fiber-seq Kit SAM | 21-1034 |
CUTANATM Fiber-seq Kit Pre-1X Reaction Buffer | 21-1033 |
CUTANATM Pre-Nuclei Extraction Buffer | 21-1021 |
1 M Spermidine | 21-1005 |
Proteinase K | 15-1033 |
RNase A | 15-1034 |
gDNA Spin Columns | 10-0016 |
gDNA Collection Tubes | 10-0017 |
gDNA Cell Lysis Buffer | 21-1029 |
gDNA Binding Buffer | 21-1030 |
gDNA Wash Buffer | 21-1031 |
gDNA Elution Buffer | 21-1032 |
推薦的Fiber-seq起始樣本量為:每反應(yīng)使用1,000,000個(gè)原代人細(xì)胞核。該試劑盒已成功應(yīng)用于凍存細(xì)胞核及輕度交聯(lián)的細(xì)胞核(有關(guān)最-新操作建議, 請(qǐng)參閱技術(shù)支持中心)。
Epicypher CUTANA™ Fiber-seq試劑盒的主要優(yōu)勢(shì):
● 單次檢測(cè),多組學(xué)洞察:Fiber-seq 可在一次實(shí)驗(yàn)中同時(shí)分析染色質(zhì)可及性、DNA甲基化和遺傳變異,將通常需要三種或更多獨(dú)立實(shí)驗(yàn)才能獲得的信息整合到一次長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序(long-read sequencing,LRS)實(shí)驗(yàn)中。
● 完整解決方案:該試劑盒包含從細(xì)胞出發(fā)、直至獲得可用于文庫(kù)構(gòu)建的純化DNA所需的全部關(guān)鍵試劑。
● 用戶友好資源:配套的《用戶手冊(cè)》可以提供詳細(xì)實(shí)驗(yàn)流程、質(zhì)量控制(QC)要點(diǎn)、常見(jiàn)問(wèn)題解答(FAQ)以及專家建議,助您快速上手;此外,經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的《快速啟動(dòng)卡》(Quick-Start Card)以簡(jiǎn)潔格式呈現(xiàn)操作步驟,便于實(shí)驗(yàn)臺(tái)旁隨時(shí)查閱。 (需要這些資源的友友們可以聯(lián)系Epicypher一級(jí)代理商欣博盛生物)。
● 輕松整合工作流程:Fiber-seq 可在常規(guī)長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序文庫(kù)制備前直接進(jìn)行,整個(gè)流程耗時(shí)不到2小時(shí),并且所用試劑均經(jīng)過(guò)驗(yàn)證,與主流LRS平臺(tái)(如 PacBio 和 Oxford Nanopore)的文庫(kù)制備試劑盒兼容。
● 搭載 Hia5 6mA 甲基轉(zhuǎn)移酶:Hia5 是目前活性最-高的 6mA 甲基轉(zhuǎn)移酶,為 CUTANA Fiber-seq 試劑盒獨(dú)-家使用。這種高活性酶可顯著縮短孵育時(shí)間,從而實(shí)現(xiàn)更高分辨率的蛋白質(zhì)足跡檢測(cè)。
嚴(yán)格的質(zhì)量控制:每一批次產(chǎn)品均經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)控檢測(cè),確保各組分在您的研究中提供穩(wěn)定一致的結(jié)果。
Fiber-seq是一項(xiàng)突破性技術(shù), 能夠在單條染色質(zhì)纖維水平上同步繪制遺傳與表觀遺傳特征圖譜。僅需一次實(shí)驗(yàn), 即可獲得原本需整合ATAC-seq、ChIP-seq和亞硫酸氫鹽測(cè)序等多種方法數(shù)據(jù)才能實(shí)現(xiàn)的深度洞察。Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒提供的試劑可支持從細(xì)胞直接制備出適用于Pacific Biosciences®(PacBio®HiFi測(cè)序) 或 Oxford Nanopore Technologies®(ONT®納米孔測(cè)序)文庫(kù)構(gòu)建流程的純化基因組DNA。
Epicypher CUTANA™ Fiber-seq 試劑盒已全新上線 , 期待與您共創(chuàng)未來(lái) !?
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